物种的化石记录显示古鲸鲨属(Palaeorhincodon)中的三个物种可追溯到35-5800万年前的始新世时期。直到1828年，第一个科学界已知的鲸鲨标本才在南非海岸被发现。在1828年4月，根据一条长4.6米，在南非桌湾被捕获的个体，鲸鲨首次被生物学家确认。这条鲸鲨的特征在隔年由开普敦的英国安祖鲁·史密斯博士（Andrew Smith）提出。他正式将该物种描述为海洋中最大的活鲨鱼，并在1849年公开更多有关鲸鲨细节。 

鲸鲨(Rhincodon typus)是人类对海洋及其居民的记录中相对较新的一种。 然而，这种鲨鱼的祖先可以追溯到2亿年至6600万年前的侏罗纪和白垩纪时期，当时鲨鱼群开始出现。这个物种很少见。在1980年代中期之前，全球只有不到350份关于鲸鲨的确认报告。从那时起，在澳大利亚记录了一致的目击事件。围绕着每年在西澳大利亚西北海岸的宁格鲁海洋公园露面的利润丰厚的生态旅游产业现已成熟。